Introduzione alla filogenesi molecolare
a.a. 2024/25
Responsabile didattico: Giorgio Matassi
Periodo: secondo semestre
Durata: 28 ore
Programma: Il Corso comprenderà una parte teorica ma anche un'importante parte pratica. In quest'ultima, lo studente analizzerà (sul proprio computer) tutte le tappe della ricostruzione di un albero filogenetico. Tutti i software che saranno usati sono free-ware. In linea di massina, gli argomenti trattati saranno i seguenti:
- Metaphores in Scinece. Trees and Networks.
- Timeline of Evolutionary Thoight
- Phylogenetics: basic definitions
- Molecular Evolution (overview); Mode and Tempo of Evolution (Natural Selection/Neutral Evolution/Gradualism/Punk eek)
- Homology (Orthologs, Paralogs); Gene families
- Use of phylogenetic trees; how to read a tree (sensible ways, dangers, misconceptions)
- Bioinformatics; Databases; Find and Retrieve nucleotide and protein sequences
- Pairwise sequence alignment
- Build an appropriate dataset for phylogenetic analysis (taxon sampling, etc)
- Multiple Sequence Alignment (MSA); assessment of MSA quality
- Evolutionary models
- Introduction to Information Theory in Biology (Shannon entropy)
- Phylogenetic methods: Maximum Parsimony, Distance, Maximum Likelihood, Bayesian Inference
- Tree reliability: Statistical tests (trees); Statistical branch support; Inconsistency
- Hypothesis testing