Seminario di Bioinformatica applicata
a.a. 2019/20
Responsabile didattico: Emanuele De Paoli
Docenti: Emanuele De Paoli, Fabio Marroni, Emanuele Dalla
Durata: 28 ore
Programma:
Small RNA analysis: biogenesis, function and computational analysis. Analisi dell*Espressione Genica: qPCR, Microarrays, RNA-seq. Next Generation Sequencing: DNA-seq, RNA-seq, ChIP seq, miRNA seq, RIP seq. Progetto FANTOM e CAGE-seq — ZENBU e PrESSto {Promoter Enhanccr Slìder Selector Tool) hands-on EnsEMBL e UCSC genome browser hands-on — bedtools. Utilizzo di R/Bioconductor nell’analisi di dati di Genomica Funzionale e Strutturale. Analisi Dart RNAseq — DESeq2 hands-on ; Analisi Dati miRNAseq — miRNApath e mirPath hands-on. Epigenetica ed Espressione Genica: ENCODE Project Gateway e Blueprint Portal hands-on. Motif Discovery - Lasagna, MEME e Homer hands-on; Analisi funzionale — DAVID/EASE e GSEA/MSigDB hands on.